Agé de plus de 900 ans, le Docteur est un voyageur spatio-temporel. Impressionné par le caractère et la débrouillardise d'une jeune anglaise, Rose Tyler, il lui propose de l'accompagner et de vivre à ses côtés de fabuleuses aventures. Celle-ci accepte mais ne tarde pas à se rendre compte que sous ses airs enjoués, le Docteur cache de profonds traumatismes...

Le Docteur s'est régénéré sous les yeux ébahis de Rose Tyler. Une fois le processus achevé, tous deux continuent à voyager à travers l'espace et le temps. Au cours de leurs péripéties, le Docteur retrouve d'anciennes connaissances mais il doit aussi faire face à la résurgence d'ennemis qu'il pensait disparus...

Anéanti par la disparition de Rose Tyler, le Docteur se lance tout de même dans de nouvelles aventures lorsqu'une femme vêtue d'une robe de mariée fait inopinément irruption au sein du TARDIS. Par la suite, accompagné d'une jeune interne en médecine, Martha Jones, il continue de parcourir l'univers et de voyager dans le temps...

Martha Jones a décidé de quitter le Docteur et de reprendre le cours normal de son existence. Cependant, le dernier des Seigneurs du Temps ne reste pas longtemps seul puisque Donna Noble resurgit dans sa vie et, cette fois-ci, décide de l'accompagner dans ses péripéties. Alors qu'ils voyagent, tous deux sont notamment témoins de l'étrange disparition de plusieurs planètes...

Alors que l'univers entier le croit mort, le Docteur continue de parcourir l'espace et le temps. Amy et Rory de leur côté, ne prennent désormais plus qu'occasionnellement part aux aventures du dernier des Seigneurs du Temps. Malheureusement, celui-ci n'est pas épargné par de tragiques pertes alors qu'une fille qui est tout simplement "impossible" ne cesse de croiser son chemin...