Alors que la porte des étoiles ne s'est pas activée depuis un an, des guerriers à la solde du dieu égyptien Apophis débarquent sur Terre et tuent plusieurs soldats américains. Le colonel Jack O'Neill reprend alors du service aux côtés du capitaine Carter et du major Kawalsky, à la tête d'une mission à destination de la planète par laquelle tout a commencé : Abydos...

Afin d'empêcher le futur apocalyptique décrit par Daniel après son voyage interdimensionnel, SG-1 décide de tout risquer et d'initier l'adresse inconnue, pour contrer la menace Goa'uld a la source. Mais l'équipe ne se doute pas de ce qui l'attend en franchissant la porte des étoiles...

SG-1 découvre que son éveil dans le futur n'était qu'une mise en scène de la belle Hathor. Celle-ci compte leur arracher autant de renseignements que possible sur l'état actuel de la galaxie. Mais c'était sans compter sur la détermination de Teal'c à secourir ses équipiers...

Grâce à SG-1, le vaisseau de Thor infesté de réplicateurs s'est désintégré dans l'atmosphère terrestre. Hélas, l'un d'eux survit et commence aussitôt à se répliquer. Le SGC souhaite l'aide des Asgard, mais ceux-ci viennent justement requérir celle de la Terre : Othalla est menacée...

Le plan désespéré mis au point par Sam et Jacob Carter afin d'anéantir la flotte d'Apophis a eut des résultats mitigés : l'équipe est coincée dans une galaxie inconnue, face au redoutable vaisseau mère de leur ennemi juré. Mais un vieil adversaire pourrait bouleverser la donne...

Alors que SG-1 ne sait encore comment réagir à l'Ascension de Daniel, Anubis attaque la Terre au moyen d'une technologie menaçant de faire exploser la porte des étoiles. Sans moyen de requérir l'aide de ses alliés extraterrestres, le SGC se retrouve dans une situation sans espoir...

A la recherche de la Cité Perdue, SG-1 retrouve Daniel Jackson, amnésique, sur une ancienne planète des Anciens. L'équipe élabore avec l'aide de Yu un plan périlleux pour tendre un piège à Anubis et freiner sa montée en puissance. Mais l'opération ne va pas sans quelques imprévus...

Après la défaite d'Anubis lors de la bataille en Antarctique, O'Neill est placé en stase. Le reste de SG-1 prend alors tous les risques pour contacter les Asgard et requérir leur aide, mais la situation s'inverse lorsque ces derniers informent l'équipe qu'un ancien mal est de retour...

La nouvelle SG-1 dirigée par Cameron Mitchell est contactée par Vala Maldoran, qui connait l'emplacement sur Terre d'un fabuleux trésor Ancien. Daniel y découvre un artéfact permettant de communiquer avec leur lointaine galaxie natale... où réside une menace insoupçonnée.

Daniel n'est pas parvenu à trouver le Graal, et l'affrontement spatial devant la Superporte s'est soldé par une défaite sanglante. Alors que les premiers vaisseaux de Croisade Oris entament la véritable conversion de la Voie Lactée, la bataille semble plus mal engagée que jamais...

Dans l'avant-poste en Antarctique, les chercheurs découvrent enfin l'adresse de la Cité d'Atlantis, localisée dans la galaxie de Pégase. Sacrifiant le ZPM terrestre, une expédition menée par le docteur Weir est envoyée à travers la porte des étoiles... et se retrouve coincée loin de la Terre, confrontée aux terribles Wraith qui il y a 10 000 ans vainquirent les Anciens...

Les Wraiths font route vers Atlantis à bord de leurs Vaisseaux-Ruches. Un nouveau siège est sur le point de commencer, et la Cité est sans défense. Le major Sheppard et le docteur Mc Kay doivent user de toute leur ingéniosité pour survivre en attendant l'arrivée du Daedalus...

Le pire des scénarios s'est réalisé : les Wraith possèdent les coordonnées de la Terre et les moyens de s'y rendre. A bord de l'une des Ruches, Sheppard, Mc Kay et Ronon disposent de moyens limités pour empêcher l'invasion. Mais c'était sans compter sur un allié inattendu...

La Cité naufragée erre dans l'espace, son bouclier en constante perte de puissance, et le docteur Weir est dans un état critique. De grands changements s'annoncent dans Pégase ; avec les Asurans, la guerre contre les Wraith pourrait bien prendre un nouveau tournant...

Tandis qu'Atlantis tente de secourir l'équipe du colonel Sheppard prise sous les décombres, le croiseur de Micheal arrive en orbite. Le Daedalus initie alors une mission afin de secourir Teyla, car selon la prophétie de John, son enfant sera la clé de la suprématie du semi-Wraith...