Dans l'avant-poste en Antarctique, les chercheurs découvrent enfin l'adresse de la Cité d'Atlantis, localisée dans la galaxie de Pégase. Sacrifiant le ZPM terrestre, une expédition menée par le docteur Weir est envoyée à travers la porte des étoiles... et se retrouve coincée loin de la Terre, confrontée aux terribles Wraith qui il y a 10 000 ans vainquirent les Anciens...

Les Wraiths font route vers Atlantis à bord de leurs Vaisseaux-Ruches. Un nouveau siège est sur le point de commencer, et la Cité est sans défense. Le major Sheppard et le docteur Mc Kay doivent user de toute leur ingéniosité pour survivre en attendant l'arrivée du Daedalus...

Le pire des scénarios s'est réalisé : les Wraith possèdent les coordonnées de la Terre et les moyens de s'y rendre. A bord de l'une des Ruches, Sheppard, Mc Kay et Ronon disposent de moyens limités pour empêcher l'invasion. Mais c'était sans compter sur un allié inattendu...

La Cité naufragée erre dans l'espace, son bouclier en constante perte de puissance, et le docteur Weir est dans un état critique. De grands changements s'annoncent dans Pégase ; avec les Asurans, la guerre contre les Wraith pourrait bien prendre un nouveau tournant...

Tandis qu'Atlantis tente de secourir l'équipe du colonel Sheppard prise sous les décombres, le croiseur de Micheal arrive en orbite. Le Daedalus initie alors une mission afin de secourir Teyla, car selon la prophétie de John, son enfant sera la clé de la suprématie du semi-Wraith...