Après l'attaque des 12 colonies de Kobol par les Cylons, l'espèce humaine est réduite a quelques dizaines de milliers d'hommes et de femmes rassemblés dans une flotte civile itinérante, sous la protection du Battlestar Galactica et du commandant Adama. Un exode pour la survie d'une race, pourchassée sans relâche par un ennemi qui cache bien des secrets...

Tandis que la flotte découvre la mythique planète Kobol, Starbuck retourne sur Caprica a la recherche de la flèche d'Apollon, sensée indiquer le chemin de la Terre. Lee et la présidente Roslin sont mis aux arrêts, et le 8ème modèle Cylon tire sur le commandant Adama au coeur même du Galactica. Le Battlestar en pleine crise doit alors faire face a une attaque Cylon...

La race humaine a été divisée : sur New Caprica, Cylons et humains cohabitent plus mal que bien et une résistance se forme, avec à sa tête Anders, Tyrol, Roslin et Tigh. Dans l'espace, le Galactica vogue en compagnie d'une poignée de vaisseaux, et des tensions se créent entre Adama père et fils à propos du sauvetage des leurs restés entre les griffes des Cylons...